- El Holoceno de la Sierra de Atapuerca: El Portalón de Cueva Mayor. Estudio de las ocupaciones del complejo Karstico de Cueva Mayor durante el Neolítico y la Edad del Bronce a fin de discutir los orígenes del Neolítico y la domesticación en el Norte de la Península Ibérica, reconocer la variedad y diversidad de las ocupaciones prehistóricas así como reconstruir los modelos sociales, económicos y culturales y el entorno ecológico de estas poblaciones.
- Geomorfología y evolución del kárst de la sierra de Atapuerca. Reconstruir la geometría original del karst de la Sierra de Atapuerca, su posterior evolución y su relación con la génesis de los yacimientos arqueo-paleontológicos, abordando, hasta donde sea posible, el estudio y la modelización de los procesos de formación y funcionamiento del karst.
- Paleobiología y paleoecología de carnívoros pleistocenos. Estudio de fósiles carnívoros Pleistocenos de la Sierra de Atapuerca (Burgos) para contrastar modelos de evolución e investigar en paleobiogeografía, bioestratigrafía, paleoecología y biomecánica.
- Paleobiología y paleoecología de homínidos pleistocenos. Estudio de fósiles humanos Pleistocenos de la Sierra de Atapuerca (Burgos) para contrastar modelos de evolución humana, investigar patrones de desarrollo ontogenético, dimorfísmo sexual, paleopatología, paleodieta, paleodemografía, paleoecología y biomecánica.
